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不管生物肥料的歷史如何，微生物制劑仍繼續(xù)向前發(fā)展。自20世紀(jì)80年代開始，人們以極大的精力關(guān)注著用于環(huán)境和農(nóng)作物的生物肥料，其原因是這類產(chǎn)品能有效地解決存在的一些問題，特別是無公害和消除環(huán)境的污染。因此，要研制出一種既具有肥料功能，又具有消除環(huán)境污染的能力，就十分困難。其難點(diǎn)在于：（1）一種微生物具有提供植物營養(yǎng)功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物質(zhì)的基因）。要實(shí)行基因轉(zhuǎn)移十分困難，還要巨大的投資。（2）土壤污染物種類很多，現(xiàn)已有105種以上的物質(zhì)對(duì)環(huán)境造成了污染。這些污染物結(jié)構(gòu)和化學(xué)成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑?；蜣D(zhuǎn)移更難以達(dá)到；（3）生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和菌種差異十分巨大，原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發(fā)揮作用的時(shí)間較長。（4）生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當(dāng)其制成菌劑施入土壤后難以成活，而且在使用前通常也只能保持3個(gè)月的貨架期。
有機(jī)肥俗稱農(nóng)家肥，包括以各種動(dòng)物、植物殘?bào)w或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動(dòng)物殘?bào)w、屠宰場(chǎng)廢棄物等。另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。主要是以供應(yīng)有機(jī)物質(zhì)為手段，借此來改善土壤理化性能，促進(jìn)植物生長及土壤生態(tài)系統(tǒng)的循環(huán)。
堆肥：各類桔稈、落葉、青草、動(dòng)植物殘?bào)w、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進(jìn)行好氧發(fā)酵腐熟而成的一種肥料。漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進(jìn)行發(fā)酵而成.廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機(jī)物腐解產(chǎn)生沼氣后的副產(chǎn)物，包括沼氣液和殘?jiān)?/span>綠肥：利用栽培或野生的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。作物秸稈：農(nóng)作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營養(yǎng)元素有N、P、K、 Ca、s等。在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經(jīng)過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。純天然礦物質(zhì)肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒有經(jīng)過化學(xué)加工的天然物質(zhì)。此類產(chǎn)品要通過有機(jī)認(rèn)證，并嚴(yán)格按照有機(jī)標(biāo)準(zhǔn)生產(chǎn)才可用于有機(jī)農(nóng)業(yè)。餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。泥肥：未經(jīng)污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。