第三方消毒供應中心的建設運營主要依據(jù)2016年國家衛(wèi)計委發(fā)布的《醫(yī)院消毒供應中心第1-3部分》（簡稱WS310.1/2/3-2016）執(zhí)行，2018年6月11日，國家衛(wèi)健委發(fā)布關于印發(fā)醫(yī)療消毒供應中心等三類醫(yī)療機構基本標準和管理規(guī)范試行的通知。
第三方消毒供應中心應當按照本通知的相關要求，在2019年6月1日前按照《醫(yī)療消毒供應中心基本標準（試行）》和《醫(yī)療消毒供應中心管理規(guī)范（試行）》兩個文件的規(guī)定，完成對消毒中心基礎設施、消毒設備、人員配置等各個方面的調整，并且取得《醫(yī)療機構執(zhí)業(yè)許可證》。該通知的發(fā)布意味著第三方消毒供應中心，將徹底告別不太規(guī)范的時代，進入規(guī)范化的運作軌道。
醫(yī)療消毒供應中心基本標準和管理規(guī)范兩個試行文件對第三方消毒供應中心的建設運營提出了新要求，在科室設置、人員配置、基礎設施、功能區(qū)規(guī)劃、設備配置等方面都做出了詳細的規(guī)定。
基礎設施方面，規(guī)定了消毒滅菌流水線、凈水處理流水線、配送物流流水線等業(yè)務場地的建筑面積，從場地方面保證相關業(yè)務能夠正常開展。
功能區(qū)規(guī)劃方面，包括主要功能區(qū)、輔助功能區(qū)和管理區(qū)三大部分。其中，主要功能區(qū)是消毒供應中心的組成核心，涉及消毒物品的去污、檢查、折疊、包裝、滅菌、存放及配送等操作流程，它規(guī)劃的科學性和完備性直接影響消毒供應服務的能力和效率，是企業(yè)生存發(fā)展的關鍵。
